¶ Import des données dans la bulle test_orchidee
- Dans l'onglet Jeux de données, créer le jeu de données
poc_sariet l'exporter vers la bulle test_orchidee
.png%22%2C%22permissionRecord%22%3A%7B%22table%22%3A%22block%22%2C%22id%22%3A%22295403a7-adf3-8056-8d00-cea00d5e33c3%22%2C%22spaceId%22%3A%22d40898a3-77aa-4b69-ab69-43134c690dbe%22%7D%7D) - Une fois le jeu de données créé, se connecter à la bulle test_ochidee
- Cliquer sur le logo Arkhn et télécharger le jeu de données dans la bulle
(exemple :22.1.zip)
- Dans un terminal, aller dans le dossier Téléchargements et dé-zipper le jeu de données
cd Telechargements
unzip .zip #Exemple : unzip 22.1.zip
4. Nettoyer le fichier .csv bash
sed -i 's/\N//g' poc_sari.csv
```
¶ Chargement des données de la base Postgres
- Dans le dossier
Téléchargements, se connecter à la base **Postgres **depuis un terminal
ℹ️ Mot de passe : postgres
cd Telechargements
psql -h localhost -U postgres
- Nettoyer la table
poc_sarien retirant les données précédentes
TRUNCATE TABLE orchidee.poc_sari;
- **Importer les nouvelle données **
\copy orchidee.poc_sari(stay_id, date_of_admission, icu_admission, date_of_icu_admission, inpatient_death, date_of_death, birth_date, biological_sex, preliminary_icd10_sari_diagnosis, date_of_the_preliminary_icd10_sari_diagnosis, primary_icd10_sari_diagnosis, date_of_the_primary_icd10_sari_diagnosis, secondary_icd10_sari_diagnosis, date_of_the_secondary_icd10_sari_diagnosis) FROM 'poc_sari.csv' DELIMITER ',' CSV HEADER;
¶ Exécution du script poc_sari
- Ouvrir VSCode dans Liste des Applications (icône Loupe)
- Dans VSCode, ouvrir le dossier poc-sari-vague-2-main dans
Public/et ouvrir un terminal - Se mettre dans l'environnement virtuel
source venv/bin/activate
- Lancer le script
ℹ️ Si vous souhaitez faire tourner le script sur les données de test :
python main_test.py
:::
python main.py→ Les fichiers générés sont dans le dossier
results/indicators
callout {icon="⚠️" color="gray_bg"}
**Certaines variables (Dates** etInstitution) sont à configurer par établissement dans le fichierconfig.py(cfREADME.mddu projet)
```python
¶ Dates
class Dates:
START = datetime.strptime("2024-01-01 00:00:00", DATE_FORMAT) # Update with your start date
END = datetime.today() # Current date by default
¶ Institution name
class Institution:
CENTER_NAME = "CENTER NAME" # Update with your center name
```
:::
⚠️ En cas d'erreur de connexion a la base Postgres après la commande
psql -h localhost -U postgres, pour mot de passe incorrecte, merci de créer un ticket sur le board support.