ℹ️ Cette page documente les dépôts GitHub utilisés dans la plateforme, leur rôle et leurs interactions.
¶ Vue d'ensemble
Les repositories communs aux établissements :
terminology: alimente une image Docker ClickHouse avec le vocabulaire OMOP ;codex**
* ensemble des modèles SQL nécessaires à la transformation des données sources des différents logiciels au format pivot d'abord, puis à des standards comme OMOP ou FHIR.
Un repository spécifique à chaque établissement :deployment-<hospital>: spécifique à chaque hôpital, définit les modèles du codex à utiliser et contient les modèles spécifiques.
¶ terminology
Le repository t**erminology**** **est commun à tous les établissements.
- Il gère l'intégration du vocabulaire OMOP et fournit une image Docker prête à être utilisée pour initialiser la base de données ClickHouse.
- L'image docker est automatiquement publiée via une pipeline CI/CD.
- ArgoCD lance cette image pour initialiser la base ClickHouse de chaque hôpital avec le vocabulaire OMOP.
ℹ️ L'ajout de terminologies locales, spécifiques à chaque établissement, est fait au niveau du repositorydeployment-<hospital>. Ces terminologies peuvent être alimentées de deux manières : - Par des fichiers .csv complétés manuellement ;
- Directement par des bases de données sources.
¶ codex
Le repository codex** **est commun à tous les établissements.
- Il contient les modèles SQL des mappings entre les bases des logiciels sources et le modèle pivot, OMOP, etc.
- Il n'est pas exécuté directement : il est importé en tant que package dbt par chaque projet de déploiement. Chaque établissement sélectionne les modèles pertinents pour ses besoins.
¶ deployment-hospital
Le repository deployment-<hospital> est **spécifique **à chaque établissement.
- Il est créé automatiquement lors du déploiement de la plateforme.
- Il contient les modèles spécifiques à l'établissement.
- Il appelle le Codex comme package pour accéder aux modèles déjà créés.
Dans le fichierdbt/packages.yml, on déclare le Codex comme package.
# packages.yml
packages:
- git: "https://github.com/arkhn/codex.git"
revision: main
Dans le fichier dbt/dbt_project.yml, on peut sélectionner les modèles du Codex qu'on souhaite utiliser.
# dbt_project.yml
models:
codex:
source:
pmsi:
+enabled: true #Utilise les modèles PMSI du Codex